核苷类药能快速清除血液中的复制病毒，但肝细胞内的乙肝病毒却很少降低，这就决定了治疗的高度有限，但只能维持治疗，才能维持疗效，只有长治才能久安。如同高血压和糖尿病一样，需要长期治疗。

长期治疗可能发生耐药，但一线药物（恩替卡韦、替诺福韦、长效干扰素）的应用和治疗经验的累积，对耐药已不难防止。

过去曾经顾虑其影响生育，替诺福韦、替比夫定、拉米夫定已经在备孕和怀孕期间广泛应用，已经充分证明对胎儿安全。

老年人只要没有不良反应，能够接受长期服药。

年轻人对长期服药有心理忌讳，只要有干扰素适应症，建议首选干扰素治疗。