因为核苷类药没有增强免疫作用，所以停药后的效果很不稳定。核苷类药直接清除复制病毒，血清中的HBV DNA很快降低到检不出的水平，从而使肝内炎症熄灭，肝功正常，病情恢复。但对肝细胞内的复制模板cccDNA并无作用，也不能直接影响病毒抗原。只是因为病毒复制水平很低，肝细胞内的cccDNA补充减少，才能影响病毒抗原合成，治疗的3-5年后，E抗原才能转换；而慢性感染的病毒S基因都与患者肝细胞的遗传基因有整合，残留表面抗原（“小三阳”）很难清除。经过漫长的年月，肝内病毒逐渐消耗，“小三阳”才能转阴。